Đầu năm 189, Hán Linh Đế bệnh nặng. Ngoại thích Hà Tiến giữ chức Đại tướng quân điều hành triều chính. Hà Tiến muốn lấy lòng Đổng Trác bèn phong Trác làm Châu mục Trịnh châu và lệnh giao quân đội cho Hoàng Phủ Tung. Tuy nhiên Đổng Trác không nghe lệnh, mang theo quân đội đến Tinh châu[16].

Cháu Hoàng Phủ Tung là Hoàng Phủ Lệ đề nghị ông ra quân đánh Đổng Trác vì dám chống lệnh triều đình. Ông cho rằng nên tâu trước xin lệnh. Hà Tiến bèn sai sứ trách mắng Đổng Trác, vì vậy Trác càng thù hận ông[17].

Tháng 4 năm 189, Hán Linh Đế qua đời, Hán Thiếu Đế lên thay. Đổng Trác được Hà Tiến mời vào kinh đô Lạc Dương trừ hoạn quan, nhân Tiến đã bị giết bèn khống chế triều đình, phế Thiếu Đế, lập Hán Hiến Đế.

Hoàng Phủ Tung bất bình với Đổng Trác, phản đối hành động chuyên quyền. Đổng Trác triệu tập Hoàng Phủ Tung, sai ông làm hiệu úy cổng thành và tìm cơ hội giết ông. Ông sắp đi nhận chức, Trưởng sử Lương Diễn khuyên ông nên phối hợp với Viên Thiệu khởi binh đánh Đổng Trác, nhưng ông không nghe theo[17].

Khi ông đến nhận chức, viên quan chủ quản theo lệnh Trác, tâu lên triều đình vu tội cho ông, đề nghị mang xét xử, khép ông vào tội chết. Con trai ông là Hoàng Phủ Kiên Thọ có quan hệ với Đổng Trác, từ Trường An chạy về Lạc Dương nhờ cậy Trác, xin tha cho ông. Giữa lúc tiệc lớn, nhiều người cũng nói hộ cho Hoàng Phủ Tung. Đổng Trác bằng lòng sai thả Hoàng Phủ Tung, bổ nhiệm làm Thị lang. Sau đó ông được thăng làm Ngự sử trung thừa.

Năm 191, Đổng Trác bị các chư hầu do Viên Thiệu cầm đầu đánh bại, mang vua Hiến Đế bỏ Lạc Dương về Trường An.

Năm 192, Đổng Trác bị Vương Doãn và Lã Bố giết chết. Vương Doãn tâu với Hán Hiến Đế phong ông làm Chinh tây tướng quân, phái ông mang quân đến nơi ở của Đổng Trác tại My Ổ, tịch biên toàn bộ tài sản và giết cả họ Đổng Trác, trong đó có mẹ và em Đổng Trác là Đổng Mân[18].

Bộ tướng của Đổng Trác là Lý Thôi, Quách Dĩ mang quân báo thù, đánh vào Trường An giết Vương Doãn, đuổi Lã Bố, trở thành quyền thần mới nắm vua Hiến Đế. Hoàng Phủ Tung không bị Lý và Quách trả thù, được đổi phong làm Xa kỵ tướng quân, rồi sau đó thay Mã Nhật Đê làm Thái úy[19]. Hiến Đế trong tình thế bị Lý Thôi chèn ép đã dựa vào ông cùng các lão thần như Triệu Khiêm, Dương Bưu, Mã Nhật Đê, Triệu Trung, Chu Tuấn kiềm chế một phần uy thế của Lý và Quách. Trong thời gian tại chức, ông làm việc cẩn trọng, tôn trọng kẻ sĩ nên được mọi người khen ngợi[20].

Được mấy tháng sau, vì có hiện tượng thiên văn có sao băng, triều đình cho là điềm không hay nên cách chức Hoàng Phủ Tung[20]. Sau đó, ông lại được gọi ra làm Quang lộc đại phu và Thái thường.

Năm 195, giữa lúc xung đột Lý Thôi, Quách Dĩ bùng nổ khiến triều chính nhà Hán nghiêng ngả, Hoàng Phủ Tung lâm bệnh qua đời. Ông được truy tặng làm Phiêu kỵ tướng quân.